Joinville está inserida em uma região muita rica em biodiversidade, sua localização faz parte do domínio da mata atlântica classificada cientificamente por Floresta Ombrófila Densa, a relação entre animais e plantas da Mata Atlântica é bastante harmônica. O fornecimento de alimento ao animal em troca do auxílio na perpetuação de uma espécie vegetal é bastante comum.

A região de Joinville apresenta um grande potencial em recursos hídricos, proporcionado pela combinação das chuvas intensas com a densa cobertura florestal remanescente.

Para que este ecossistema mantenha-se preservado diante do crescente desenvolvimento econômico do município foram realizadas várias ações tais como a implantação de áreas de proteção ambiental (APA) como a Serra Dona Francisca, e uma expressiva quantidade de áreas legalmente protegidas, sendo elas: Parque Ecológico Prefeito Rolf Colin, Parque Municipal da Ilha do Morro do Amaral, Estação Ecológica do Bracinho, Parque Municipal do Morro Boa Vista, Área de Proteção Ambiental da Serra Dona Francisca, Reserva Particular do Patrimônio Natural do Caetezal, Parque Municipal do Morro do Finder e Parque Natural Municipal da Caieira, e os remanescentes de manguezais encontrados em diversos bairros do município.

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